FLCL Progressive

Han pasado muchos años desde que Naota y Haruhara Haruko vivieron juntos su aventura. Mientras tanto, la guerra entre las dos entidades conocidas como Medical Mechanica y Fraternity se libra con furia por toda la galaxia. Entra en escena Hidomi, una joven adolescente que cree que no hay nada extraordinario que esperar de su vida corriente, hasta que un día llega a su colegio una nueva profesora llamada Haruko. Al poco tiempo, Medical Mechanica ataca su ciudad y Hidomi descubre un secreto en su interior que podría salvar a todo el mundo, un secreto que solo Haruko puede desvelar. Pero, ¿por qué regresó Haruko a la Tierra? ¿Qué pasó con su Rickenbacker 4001, que dejó con Naota? ¿Y adónde fue a parar el robot de tipo humano «Canti»?